男性Y染色体缺失可能由遗传因素、基因突变等原因引起。一般如果父亲染色体微缺失，会造成严重的少精症，从而导致下一代男性Y染色体缺失；其次，在母亲孕育胚胎的早期，受到化学、物理、生物、药物或辐射等外界因素的影响，会造成胎儿的Y染色体发生变异，从而导致男性Y染色体缺失。一旦出现染色体缺失，男性应及时到当地医院进行详细检查，以帮助明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。
男性Y染色体缺失的原因 1、遗传因素
如果父亲有Y染色体缺失，可能会因为遗传因素导致儿子出现Y染色体缺失的情况，Y染色体缺失会导致少精、弱精、无精，但有少部分患者有生育的机会。
2. 基因突变
在母体怀孕的前三个月，胚胎处于早期发育阶段，在此期间母体受到射线、药物、物理、化学等因素的影响，可能会导致基因突变，造成Y染色体缺失。
Y染色体缺失的后果 Y染色体短臂微缺失，临床表现为无精子症、小睾丸，由于睾丸发育不良，生精功能异常，导致不育。Y染色体长臂微缺失，临床表现为无精子症或少精子症，部分患者性功能基本正常，有时伴有早泄。 Y 染色体微缺失嵌合型，临床表现为既有少精子症，又有不同程度的性功能障碍，妻子不孕，或在妊娠早期因胚胎发育停止而自然流产、 X 和 Y 染色体微缺失组合型，即 X 染色体长臂和 Y 染色体长臂均微缺失，伴有原发性不育、小睾丸、无精子症和第二性征发育不全。Y染色体微缺失易位型、易位均累及Y染色体微缺失，临床表现为精子发生障碍、少精症。Y染色体缺失检查费用检查外周血细胞染色体核型的话，一般都在350元左右。Y 染色体微缺失检查费用约为 1500 元。如果在流产组织中检测到非整倍体，价格会更高、目前，临床上尚无有效治疗男性Y染色体缺失的方法，因此生育的可能性极低。如果男性有生育需求，建议在医生指导下通过试管婴儿、试管婴儿、胚胎移植等方法助孕，防止Y染色体缺失遗传给下一代。